Diversos organismos fiscalizadores tienen como función supervisar y facilitar las operaciones en el puerto de Coquimbo.

En su calidad de empresa del Estado de corte empresarial con autonomía administrativa y financiera, Puerto Coquimbo debe velar por la adecuada administración, explotación, desarrollo y conservación del puerto y terminales, en cumplimiento de las normativas legales vigentes y con objeto de beneficiar a la economía regional y nacional.

La oficina del Servicio Agrícola y Ganadero (SAG) en el puerto de Coquimbo está equipada con un terminal del sistema informático multipuerto con que cuenta esta repartición estatal. La función del SAG es realizar estrictos controles zoo y fitosanitarios en el puerto, con objeto de prevenir el ingreso de plagas e insectos dañinos al país.

La Prefectura Policial de la Región de Coquimbo de la Policía de Investigaciones de Chile (PDI) controla la documentación de tripulantes y pasajeros a su arribo al país por el puerto de Coquimbo.

Por su parte, la Dirección Regional de Territorio Marítimo (Directemar) / Gobernación Marítima de Coquimbo se encarga de garantizar la seguridad al interior del recinto portuario, así como en aguas abrigadas y en mar abierto.

La Dirección Regional Coquimbo del Servicio Nacional de Aduanas cuenta con un punto permanentemente habilitado en el puerto de Coquimbo para fiscalizar el paso de personas y mercancías y desarrollar en general todo tipo de operaciones aduaneras.